大掌门2中的关卡总数并非壹个固定不变的数值，它会游戏版本的持续更新而不断增加。游戏的主线剧情关卡是推动故事进步和解开新功能的核心途径，其设计遵循着由浅入深的难度曲线。截至近年来的多个游戏资料显示，游戏中的主线关卡已经包含了数百个不同的剧情章节，而且每个章节内部还细分有多个小关卡。由于开发团队会定期推出新的剧情和挑战，因此关卡的总量始终处于动态增长的情形，为玩家提供持续的新鲜感和寻觅深度。

这些关卡以章节式的结构进行组织，玩家需要逐一完成当前章节的全部细分关卡才能推进到下壹个章节。据资料显示，完整通关当时版本的主线剧情需要故事数十个章节，而每个大章节内也许包含多达10到15个具体的战斗关卡。除了贯穿游戏始终的主线关卡外，游戏内还存在诸如精英关卡、挑战关卡等多种类型，例如试炼塔、逐鹿中原、藏兵阁探秘等，它们各自拥有特殊的挑战制度和丰厚的奖励机制。

玩家会遭遇不同类型的敌人，通常包括每天可多次挑战的普通小兵、挑战次数有限的精英守卫以及更为强大的章节Boss。每次挑战关卡需要消耗一定的体力，战斗胜利后可以获取掌门经验、弟子经验等基础奖励，并有概率掉落装备碎片、弟子魂魄等珍贵资源。关卡设有星级评定体系，在指定回合内达成无阵亡或少量阵亡的胜利，可以获取更高的星级评价。

成功通关关卡后，玩家能够获取多种形式的奖励。第一次通关某个关卡，尤其是章节Boss，通常能获取包括武林通鉴断篇在内的稀有资源。每个大章节设有累计星数奖励，当玩家在该章节获取的星星总数达到特定数量时，可以开始宝箱领取额外奖励。击败关卡中出现的精英守卫也能开始对应的精英宝箱。在闯荡江湖的经过中，玩家还也许随机触发各种奇遇事件，从中获取意想差点的收获。

若在推进关卡时遇到困难，通常意味着需要对自身阵型的战斗力进行提高。关卡的进度和掌门等级、弟子培养度紧密关联，仅依靠基础阵型难以应对后期复杂的战斗机制。提议玩家优先提高核心弟子的等级、装备精炼度以及武功组合，同时注意游戏中存属性克制机制，根据不同的敌方阵型灵活调整出战策略。每天体力应优先分配给未通关的主线章节以推进进度，剩余体力则可用于扫荡已通关的关卡，稳定获取弟子培养所需的资源。